বিএআরসির সাংগঠনিক কাঠামোতে রয়েছে গভর্নিং বডি (জিবি), নির্বাহী পরিষদ (ইসি) এবং বিএআরসি সচিবালয়। গভর্নিং বডির চেয়ারপার্সন মাননীয় কৃষি মন্ত্রী। মাননীয় মৎস্য ও প্রাণিসম্পদ মন্ত্রী এবং মাননীয় পরিবেশ ও বন মন্ত্রী কো-চেয়ারপার্সন। মাননীয় সংসদ সদস্য, পরিকল্পনা কমিশনের সদস্য, সচিব, বিভিন্ন গবেষণা প্রতিষ্ঠানের প্রধানগণ, সম্প্রসারণ অধিদপ্তর (কৃষি, প্রাণিসম্পদ, মৎস্য এবং বন), বাংলাদেশ কৃষি উন্নয়ন কর্পোরেশন, কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়, কৃষি বিজ্ঞানী, এনজিও, বেসরকারী খাত এবং কৃষক প্রতিনিধি গভর্নিং বডির সদস্য।

• গভর্নিং বডি
• নির্বাহী পরিষদ
• বিএআরসি সচিবালয়

গভর্নিং বডি
গভর্নিং বডি কাউন্সিলের সর্বোচ্চ কর্তৃপক্ষ। ইহা গবেষণা সংক্রান্ত বিষয়ে পরিকল্পনা, সমন্বয় এবং কাউন্সিলের প্রশাসনিক নীতি প্রনয়ন নিয়ন্ত্রণ, নির্দেশনা এবং তত্বাবধান করে থাকে। গভর্নিং বডির গঠন নিম্নরুপ:

মাননীয় কৃষি মন্ত্রী               : চেয়ারম্যান
মাননীয় মৎস্য ও প্রাণিসম্পদ মন্ত্রী   : কো-চেয়ারম্যান
মাননীয় পরিবেশ এবং বন মন্ত্রী  : কো-চেয়ারম্যান

সদস্যবৃন্দ:

• সংসদ সদস্য (২)
• সদস্য (কৃষি), পরিকল্পনা কমিশন
• সচিব, কৃষি মন্ত্রণালয়
• সচিব, মৎস্য ও প্রাণিসম্পদ মন্ত্রণালয়
• সচিব, পরিবেশ ও বন মন্ত্রণালয়
• উপাচার্য, বাংলাদেশ কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়
• নির্বাহী চেয়ারম্যান, বাংলাদেশ কৃষি গবেষণা কাউন্সিল
• চেয়ারম্যান, বাংলাদেশ কৃষি উন্নয়ন কর্পোরেশন
• মহাপরিচালক, কৃষি সম্প্রসারণ অধিদপ্তর
• মহাপরিচালক, বাংলাদেশ কৃষি গবেষণা ইনস্টিটিউট
• মহাপরিচালক, বাংলাদেশ ধান গবেষণা ইনস্টিটিউট
• মহাপরিচালক, বাংলাদেশ পাট গবেষণা ইনস্টিটিউ
• মহাপরিচালক, বাংলাদেশ ইনস্টিটিউট অব নিউক্লিয়ার এগ্রিকালচার
• মহাপরিচালক, বাংলাদেশ ইক্ষু গবেষণা ইনস্টিটিউট
• মহাপিরিচালক, প্রাণিসম্পদ অধিদপ্তর
• মহপরিচালক, মৎস্য অধিদপ্তর
• যুগ্ম সচিব, অর্থ মন্ত্রণালয়
• যুগ্ম সচিব, জনপ্রশাসন মন্ত্রণালয়
• প্রধান সংরক্ষক, বন অধিদপ্তর
• সনামধন্য বিজ্ঞানী (৩)
• কৃষক থেকে প্রতিনিধি (১)
• কৃষিজ সামগ্রীর উপকরণ ব্যবসায়ী সম্প্রদায়ের প্রতিনিধি
• কৃষি গবেষণা বা কৃষি উন্নয়ন এর সহিত জড়িত এনজিও এর প্রতিনিধি

বিএআরসির সদস্য পরিচালক (প্রশাসন ও অর্থ) গভর্নিং বডির সদস্য সচিব হিসাবে দায়িত্ব পালন করে থাকে।

নির্বাহী পরিষদ
নির্বাহী পরিষদ (ইসি) বিএআরসির নির্বাহী চেয়ারম্যান, সদস্য পরিচালক, নার্স প্রতিষ্ঠান সমূহের প্রধান নির্বাহীগণ এবং কৃষি গবেষণা ফাউন্ডেশনের প্রধান নির্বাহী নিয়ে গঠিত। নির্বাহী পরিষদ ক্ষমতা প্রয়োগ এবং কার্যাবলী সম্পাদনের ক্ষেত্রে গভর্নিং বডির নিকট দায়ী থাকিবে এবং গভর্নিং বডি কর্তৃক, সময় সময়, প্রদত্ত নির্দেশনা, আদেশ ও নির্দেশ অনুসরণ করিবে। নার্স প্রতিষ্ঠানের বিভিন্ন নীতিমালা এবং এআরআইয়ের গবেষণা প্রস্তাবসমূহ অনুমোদনে নির্বাহী পরিষদ সহায়তা প্রদান করে থাকে। বিএআরসির নির্বাহী চেয়ারম্যান নির্বাহী পরিষদের সভাপতির দায়িত্ব এবং সদস্য পরিচালক (প্রশাসন ও অর্থ) গভর্নিং বডির সদস্য সচিব হিসাবে দায়িত্ব পালন করে থাকে।

এআরআইয়ের ম্যানেজমেন্ট বোর্ড
স্বায়ত্বশাসিত ইনস্টিটিউট সমূহ (মহাপরিচালক/পরিচালক) এর নেতৃত্বে ম্যানেজমেন্ট বোর্ড দ্বারা পরিচালিত হয়। ম্যানেজমেন্ট বোর্ডে বিএআরসি, মন্ত্রণালয়, বেসরকারী সংস্থা, কৃষক, বিজ্ঞানী এবং অন্যান্য স্টেকহোল্ডারের প্রতিনিধি থাকে।

বিএআরসি সচিবালয়

• নির্বাহী চেয়ারম্যান: নির্বাহী চেয়ারম্যান কাউন্সিলের প্রধান নির্বাহী কর্মকর্তা হিসাবে জিবির সিদ্ধান্তসমূহ বাস্তবায়ন এবং বিএআরসির সমুদয় প্রশাসনিক দায়িত্ব পালন এবং কর্মসূচী বাস্তবায়নের জন্য দায়বদ্ধ।
• সদস্য পরিচালক: সদস্য পরিচালকগণের নেতৃত্বে বিএআরসির সাতটি বিভাগ পরিচালিত হয়। বিভাগসমূহ হলো: শস্য, পরিকল্পনা ও মূল্যায়ন, প্রাকৃতিক সম্পদ ব্যবস্থাপনা, মৎস্য, প্রাণিসম্পদ, কৃষি অর্থনীতি ও গ্রামীণ সমাজ বিজ্ঞান এবং প্রশাসন ও অর্থ। উল্লেখিত বিভাগসমূহ সুনির্দিষ্ট ক্ষেত্রে অথবা প্রোগ্রাম এলাকা ভিত্তিক কার্যক্রম সমন্বয়ের জন্য দায়বদ্ধ।

কাউন্সিলের ক্ষমতা প্রয়োগ ও কার্যাবলী সম্পাদনের ক্ষেত্রে, গভর্নিং বডি এবং নির্বাহী পরিষদকে সহায়তা করার জন্য কারীগরী এবং সাধারণ কর্মীদের নিয়ে গঠিত বিএআরসি সচিবালয়ের সাতটি উইং/বিভাগ এবং একাধিক ইউনিট আছে। সচিবালয়ের সাতটি উইং/বিভাগ এর অধীন ইউনিটগুলো হল: মাটি, বন, কৃষি প্রকৌশল, কম্পিউটার ও জিআইএস, কৃষি তথ্য কেন্দ্র, জনশক্তি ও প্রশিক্ষণ, পুষ্টি এবং প্রযুক্তি হস্তান্তর ও মনিটরিং ইউনিট।
বিএআরসি’র প্রতিটি বিভাগ এবং ইউনিট গবেষণার সমস্যা সংকুল এলাকা চিহ্নিতকরণ ও অগ্রাধিকার নির্ধারন এবং গবেষণা প্রস্তাব পর্যালোচনা, গবেষণা-সম্প্রসারণ সংযোগ জোরদার, গবেষণার উদীয়মান সমস্যা মোকাবেলায় সক্ষমতা বৃদ্ধি এবং গবেষণা অগ্রগতি ওয়াকিবহাল থাকার জন্য দায়বদ্ধ। এছাড়াও গবেষণা কর্মসূচী পর্যবেক্ষণ ও মূল্যায়ন, গবেষণায় ঘাটতি চিহ্নিতকরণ এবং উন্নয়নকল্পে পরামর্শ প্রদান, আন্ত:প্রাতিষ্ঠানিক প্রকল্প উন্নয়ন এবং বিজ্ঞানী ও গবেষণা প্রতিষ্ঠানের মধ্যে সহযোগিতা এবং সেমিনার, কর্মশালা আয়োজন এবং তাদের স্ব স্ব ক্ষেত্রে আন্তর্জাতিক সহযোগিতা গড়ে তোলা।